季刊《南洋问题研究》（CN 35-1054/C）创办于1974年，1986年12月公开发行。杂志原名《南洋问题》，1988年更名为《南洋问题研究》，自2006年第一期开始，变更为大16开本。该刊由厦门大学南洋研究院主办，主管单位是厦门大学，是目前国内最早创办的国际问题研究刊物之一，也是国内东南亚及华侨华人研究领域中历时最长、最权威的刊物之一。该刊主要刊载中外著名学者用中文发表的有关亚太及东南亚各国政治、经济、历史、华侨华人、社会、教育、文学、国际关系和中国与东南亚关系等问题的最新重要研究成果，以及关于上述领域的系统资料和学术动态，密切跟踪和及时反映东南亚研究领域的新进展。
该刊所载的学术论文有2篇分别获得国务院侨务办公室颁发的第一届全国侨务工作研究论文二等奖（一等奖空缺）和三等奖，2篇分别获得厦门市社会科学优秀成果二、三等奖。据不完全统计，共有16篇论文被菲律宾《世界日报》全文转载，24篇论文被中国人民大学书报资料中心的《复印报刊资料》全文转载，12篇论文被国内权威的《华人经济年鉴》、《世界华商经济年鉴》全文转载。同时，一些论文的观点和资料被国内外出版的学术著作大量引用，如《快速发展中的地区经济》（郑励志主编）、《从东盟到大东盟----东盟30年发展研究》（王士录等著）、《东南亚华侨史》（朱杰勤著）、《新加坡、马来西亚华侨史》（林远辉等著）、《菲律宾华侨史》（黄滋生等著）、《印尼华侨史》（李学民著），等等。
此外，该刊曾刊载一些国内外著名专家学者的重要论著，如原香港大学校长、现新加坡东亚研究所董事局主席王赓武教授的《关于华侨史的一些问题》（载于《南洋问题研究》1981年第1期）、《十九世纪以来新马的华人教育政策》（载于《南洋问题研究》1983年第3期）等等。
2002年，在中文社会科学引文（CSSCI）发布的统计信息中，《南洋问题研究》在全国国际问题学科期刊影响因子方面居第2位。
2004年9月，《南洋问题研究》入选中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊。
2019年11月,在第六届高校社科期刊评优活动中,该刊被评为“高校社科精品期刊”。
2021年3月,《南洋问题研究》入编《中文核心期刊要目总览》2020年版（即第9版）政治学（含马列）类的核心期刊。
